DNA ribosomiale

Il DNA ribosomiale, abbreviato in rDNA è un tipo di DNA che codifica per l'RNA ribosomiale (rRNA). L'RNA ribosomiale è il maggiore costituente del ribosoma. In base al tipo di organismo, procariote oppure eucariote, il DNA ribosomiale è organizzato in modo differente.

DNA ribosomiale nei procarioti

I ribosomi dei procarioti sono molto semplici se confrontati agli equivalenti eucariotici. Questa "semplicità" si manifesta anche nel DNA che codifica per la parte riboproteica. In E. coli, i geni che codificano per l'rRNA sono presenti sette volte nel genoma. Ciascuno di questi sette tratti codifica per 3 geni che sono, in ordine 5'->3', i geni per il 16S, il 23S e il 5S. Tra i geni appena riportati, e le sequenze iniziali e finali sono presenti delle regioni spaziatrici che vengono rimosse dalle proteine ribosomiali durante la fase di maturazione del ribosoma. 

Nei mammiferi, l'analisi dell'rRNA è più complessa. I geni che codificano per il 18S, 5.8S, 28S sono, in sequenza, presenti migliaia di volte su zone definite clusters. Al pari dei procarioti, sia tra i geni, sia alle estremità 5' e 3' sono presenti delle regioni spaziatrici. I geni che codificano per il 5S sono lontani, dal punto di vista spaziale, rispetto ai clusters.

DNA ribosomiale e analisi di specie

Il DNA ribosomiale è molto conservato. Nei procarioti, il sequenziamento del DNA e l'analisi informatica dei risultati permettono di stabilire l'associazione tra due o più specie in base all'omologia tra alcune zone dell'rDNA. Le regioni di rDNA conservate sono comuni a tutti i batteri, le regioni semiconservate sono simili nei batteri appertenenti allo stesso phylum, mentre le regioni variabili possono aiutare a classificare due o più batteri, osservandone la sequenza di particola. In queste zone dell'rDNA se, a seguito del sequenziamento di due ceppi, si riscontrano analogie superiori al 96% è molto probabile che i batteri analizzati possano appartenere alla stessa specie.

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