Il microscopio a fluorescenza è un microscopio che è capace di rilevare la fluorescenza, opportunamente indotta, su un campione posto in un vetrino. Attraverso l'analisi a fluorescenza è possibile rilevare ed evidenziare molte strutture sfruttando, ad esempio, la capacità di un anticorpo marcato, generalmente con la fluoresceina, di legarsi stabilmente con un antigene presente nella struttura e, successivamente, di essere rilevato attraverso il meccanismo della fluorescenza.
Microscopio a fluorescenza utilizzato per l'analisi dei campioni opportunamente preparati.
I vantaggi dell'utilizzo di un microscopio a fluorescenza sono molti e riguardano la sensibilità del metodo, la velocità di osservazione e la possibilità - usando differenti fluorofori di evidenziare più strutture all'interno dello stesso campione. Lo svantaggio principale della tecnica a fluorescenza riguarda la possibilità di cross-reazioni, ad esempio derivanti dal legame dell'anticorpo marcato con altri bersagli e dal costo di realizzazione di un preparato finito.
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