Il microbioma è l'insieme dei geni che sono presenti all'interno del microbiota. Il microbioma è, per questo motivo, la somma dei singoli geni che ogni specie, colonizzante un qualsiasi organismo, possiede. L'analisi del microbioma avviene attraverso la metagenomica che si occupa di valutare i geni in un contesto "ambientale" e non al livello del singolo ceppo, o genere.
L'approccio metagenomico, inoltre, permette con più semplicità di ricercare un gene all'interno del microbioma per stabilire se, ad esempio, delle proteine possono essere espresse (ad esempio delle tossine, o delle spore), oppure per ricercare, attraverso l'allineamento e la comparazione delle sequenze specifici ceppi virali, batterici o eucariotici.
Geni del microbioma
La consapevolezza dell'enorme importanza del microbiota e, di conseguenza, del microbioma è un evento recente. I batteri in uno stato di simbioisi con l'organismo erano, fino a pochi decenni fa, conosciuti con il termine generico di flora intestinale, adesso il microbiota assume un ruolo chiave nella comprensione di molti aspetti della salute dell'organismo umano e animale. La presenza di alcuni geni, che non sono espressi nelle cellule somatiche dell'organismo ospite, di fatto "aumenta" la capacità genetica, e la conseguente espressione, dell'organismo. Ad esempio, un gene che codifica per un enzima può coadiuvare la digestione di particolari classi di nutrienti, normalmente non assimilabili. Sotto questa luce, appare subito chiaro che il microbiota, in qualità dei geni che esso porta, è un insieme di batteri che - operando in sincronia - assolvono la funzione di un "organo" coadiuvante l'organismo.
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